Геном акантамёбы уточнили в поиске новых способов лечения кератита

Исследователи повысили точность описания генома Acanthamoeba castellanii — свободноживущей амёбы, которая иногда вызывает тяжёлые инфекции у человека. Организм может поражать роговицу глаза, вызывая акантамёбный кератит. Его трудно лечить, особенно когда амёба образует устойчивую цисту. Новая работа помогает найти особенности возбудителя, которые в будущем можно будет использовать при разработке лекарств.

Исследование проводила международная группа с участием Джонатана Стефели из Моргриджского исследовательского института. Авторы изучали как ядерный геном амёбы, так и белки её митохондрий — клеточных структур, связанных с обменом веществ. Результаты представлены в двух научных статьях.

Более точная карта генов

Последовательность ДНК Acanthamoeba была известна и раньше, но установить границы многих генов было трудно. Учёные применили в том числе секвенирование длинных молекул РНК, чтобы выяснить, какие участки генома действительно считывает клетка. По данным исследователей, точность аннотации — определения расположения генов — выросла примерно с 52 до 98%. Удалось описать почти 16 тысяч генов.

Особое внимание привлекли белки, участвующие в формировании защитной стенки цисты. Авторы выделили 20 семейств таких белков, отсутствующих у человека. Их отличия делают эти структуры интересными для дальнейшего поиска лекарственных мишеней. Однако отсутствие прямого аналога у человека само по себе не гарантирует, что воздействующий на белок препарат будет безопасен.

Подсказки из митохондрий

Во второй работе команда изучила состав митохондрий амёбы с помощью масс-спектрометрии. Около 300 обнаруженных там белков не имели аналогов среди митохондриальных белков человека и дрожжей. Исследователи также описали способность митохондрий амёбы менять режим работы при разной доступности кислорода. Возможно, эта гибкость помогает организму выживать в разных условиях.

Читайте также: Амёба из вулканического источника выдержала температуру 63 градуса.

Ни один из найденных белков пока нельзя назвать проверенной лекарственной мишенью, а готового нового средства от кератита работа не предлагает. Следующий шаг — выяснить функции отдельных белков и проверить, какие из них действительно необходимы амёбе, особенно в форме цисты. Такая последовательная проверка может приблизить разработку более избирательных методов лечения, но до испытаний препарата предстоит ещё немало исследований.