Атлас SPanC-Lnc выявил почти 95 тысяч неизвестных молекул для борьбы с раком

Учёные Медицинского исследовательского института QIMR Berghofer (Австралия) создали комплексный атлас длинных некодирующих РНК — SPanC-Lnc — охватывающий 13 типов рака и включающий 219 442 молекулы. Из них почти 95 000 (94 795) ранее не были описаны в научной литературе. Работа, опубликованная в сентябре 2026 года, представляет потенциальный «золотой прииск» новых онкологических мишеней, скрытых в том, что раньше называли «мусорной ДНК».

Что такое длинные некодирующие РНК

Длинные некодирующие РНК (lncRNA) — молекулы длиной более 200 нуклеотидов, транскрибируемые с ДНК, но не кодирующие белки. Долгое время они считались «шумом» генома — случайными транскриптами без функции. За последние полтора десятилетия стало ясно, что lncRNA активно участвуют в регуляции экспрессии генов, модификации хроматина, пространственной организации ядра и контроле клеточного цикла.

При раке нормальные паттерны lncRNA нарушаются: одни из них онкогенны (стимулируют рост опухоли), другие — туморсупрессивны (подавляют его). Их уровни в опухолевых клетках нередко резко отличаются от нормальных тканей, что делает их потенциальными биомаркерами и мишенями.

Создание атласа SPanC-Lnc

Исследователи проанализировали транскриптомные данные тысяч образцов опухолей и нормальных тканей из публичных баз данных (прежде всего TCGA и GTEx), охватив 13 наиболее распространённых типов рака: рак лёгкого, молочной железы, колоректальный, предстательной железы, почечноклеточный, гепатоцеллюлярный и другие.

Применив усовершенствованные алгоритмы сборки транскриптома и сравнительного анализа, они идентифицировали 219 442 lncRNA-молекулы. Из них:

• 94 795 — ранее не описанные lncRNA, специфически изменённые в опухолях;
• Около 12 000 молекул показали устойчивую корреляцию с клиническими исходами (выживаемостью, ответом на терапию);
• Часть молекул оказалась специфичной для определённого типа рака, часть — общей для нескольких онкологических заболеваний.

Инструмент SPanC-Lnc

Параллельно с атласом авторы разработали биоинформатический инструмент SPanC-Lnc, доступный для других исследователей. Он позволяет искать и визуализировать паттерны экспрессии конкретных lncRNA в разных типах рака, сопоставлять их с клиническими данными и оценивать потенциальную терапевтическую ценность.

Читайте также по теме: регуляции ДНК при атаке на раковые клетки.

Ключевое практическое значение: большинство из 95 000 новых молекул существуют только в опухолевых клетках или сильно обогащены в них, что делает их потенциально безопасными мишенями для РНК-интерферирующих и антисмысловых терапий, которые будут поражать рак, но не нормальные ткани.